Alfonsas LIPNIŪNAS gimė 1905 m. kovo 12 d. Panevėžio apskrityje, Pumpėnų valsčiuje, Talkonių kaime. Sulaukęs 12 metų pradėjo lankyti Pumpėnų pradinę mokyklą, o po dviejų metų įstojo į Panevėžio gimnaziją. Baigęs ją Alfonsas įstojo į Kauno kunigų seminariją.
1930 m. birželio 14 d. iš Kauno arkivyskupo J. Skvirecko rankų gavo kunigystės šventimus ir buvo paskirtas Panevėžio jaunimo direktoriumi ir Panevėžio katedros vikaru.
1932 m. Kauno Vytauto Didžiojo universitete įgijo teologijos licenciato laipsnį. O nuo 1935 m. iki 1939 m. Lilio universitete (Prancūzijoje) studijavo socialinius mokslus. Grįžęs į Lietuvą kun. Alfosnas ėjo lektoriaus pareigas Panevėžio pedagoginiame institute, o šiam persikėlus į Vilnių, ten išvyko ir kun. A. Lipniūnas. Nuo 1942 m. kun. Alfonsas dėstė sociologiją ir pastoracinę teologiją Vilniaus kunigų seminarijoje bei ėjo Vilniaus universiteto kapeliono pareigas. 1943 m. kunigas buvo areštuotas ir išvežtas i Štuthofo koncentracijos stovyklą. Artėjant karo frontui, 1945 m. sausio 25 d. kun. A. Lipniūnas paleidžiamas iš koncentracijos stovyklos, tačiau sunkiai susirgus dėmėtąja šiltine ir plaučių uždegimu, jis tų pačių metų kovo 28 d. ligoninėje miršta. Palaidojamas Pucko (Lenkijoje) kapinėse.
1989 m. kun. A. Lipniūno palaikai, artimųjų iniciatyva ir tuomečio katedros klebono mons. Juozapo Antanavičiaus rūpesčiu, iškilmingai perkeliami į Lietuvą ir rugsėjo 12 d. palaidoti Panevėžio katedros šventoriuje.
Kun. Alfonsas Lipniūnas nuo pirmųjų kunigystės metų darbavosi Panevėžio katedroje, gyveno kunigų name (Katedros a. 7), ant kurio šiaurinės pusės sienos 2005 m. gegužės 27 d. pakabinta ir pašventinta jam skirta memorialinė lenta (aut. K. Krasauskas). Kunigas aktyviai darbavosi su katedros parapijos jaunimu, globojo jaunimo organizacijas. Parapijos namuose viena iš klasių yra pavadinta kun. Alfonso Lipniūno vardu. Panevėžio miesto viena iš progimnazijų turi kun. A. Lipniūno vardą (Klaipėdos g. 138).
2006 m. kovo 28 d. iškilmingomis apeigomis Panevėžio Kristaus Karaliaus katedroje pradėtas Dievo tarno kun. Alfonso Lipniūno paskelbimo palaimintuoju procesas.